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Au Congo Brazzaville, sous la présidence
de l'abbé Fulbert Youlou**,
les FF\restent dans l'expectative , surtout quand le Président décide de créer un parti unique. Sa démission, en août 1963 , sous la pression des mouvements des ethnies Lari et Mbochi - encadrés
par des syndicalistes marxistes - ne menace pas immédiatement la loge GODF « Aurore du Congo ». En effet, les chefs militaires demandent à Massambat-Debat** de
prendre la succession.
Mais le nouveau Président met en place l'année suivante un parti unique, le Mouvement National de la Révolution, ce qui transforme de façon inquiétante le climat dans lequel évolue la loge ; d'autant plus surprise d'apprendre que, dans le prolongement de Léopoldville, des FF\ envisagent de fonder une loge GLNF.
Dès 1965, la loge, soumise à des tracasseries de l'administration, prend des précautions. En 1966, elle préfère se mettre en sommeil, ce dont elle informe le GODF.
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Au Congo Kinshasa, pendant ce temps, les conditions politiques et économiques du pays font que la Franc-Maçonnerie est laminée par
l'effondrement des structures du pays et le départ des Européens. Certes, des activités subsistent, essentiellement à la loge « Labor et Libertas » d'Elisabethville (Lumbubashi), mais de
façon réduite et avec de plus en plus de difficultés à maintenir une liaison, dans une si grande étendue désorganisée, avec les FF\ de Léopoldville (Kinshasa), Stanleyville (Kisangani),
Jadothville (Likasi), Bukavu. La situation est telle - avec le gouvernement Lumumba** puis Joseph Kasa-Vubu**
- que les uns après les autres, les ateliers ferment, à l'exception de celui de Lubumbashi..
Cependant il n'y a pas d'entraves explicites aux activités maçonniques de la part des autorités congolaises et deux
FF\ venus de Paris peuvent
même allumer en mai 1963, pour un court instant, les feux de la loge « Lumière et vie » à Léopoldville pour
le compte de la GLNF. Ils affilient pour ce faire une douzaine de FF \ africains arrivés récemment d'Europe où ils ont fait leurs études et initient
immédiatement huit Congolais.
Cette volonté, chez les uns de se maintenir ou chez les autres de s'implanter, prend fin quand Mobutu** s'empare, en novembre 1965, de la totalité du pouvoir. Dans la foulée, quatre ministres sont pendus dans la capitale et l'opposition parlementaire est réduite à sa plus simple expression. C'est dans une telle pratique dictatoriale du pouvoir que s'inscrit l'interdiction de la Franc-Maçonnerie par Mobutu.
Pendant ce temps, au Burundi qui accède à son indépendance en 1962, la loge de Bujumbura se survit avec de très faibles effectifs. Difficultés liées à la transition politique difficile du pays avec un premier coup d'état et les premières émeutes en 1965.